Ниер: Автомата — Версия 1.1а

События происходят в 5012 году. Земля подверглась нападению инопланетных сил, использующих роботизированные формы жизни под названием Машины. После уничтожения большей части человечества оставшиеся люди переселились на Луну. Для борьбы с захватчиками была создана боевая единица андроидов YoRHa. Андроид 2B входит в состав этого подразделения и специализируется на ближнем бою. Её напарником становится андроид 9S, обладающий навыками анализа и хакерских атак.

2B и 9S отправляются на Землю с заданием уничтожить Машин и подготовить планету к возвращению человечества. В процессе выполнения миссии андроиды обнаруживают, что некоторые Машины развили способность к эмоциональным реакциям и демонстрируют неагрессивное поведение. Параллельно они находят уцелевших людей, скрывающихся в руинах разрушенных городов. Исследуя аномалии в поведении Машин, андроиды собирают данные о необъяснимых явлениях.

Собранная информация указывает на существование третьей силы, оказывающей влияние на конфликт между людьми и Машинами. По мере углубления в расследование 2B и 9S сталкиваются с противоречиями в официальных отчетах командования YoRHa. Обнаруженные свидетельства заставляют их усомниться в достоверности предоставленных сведений о войне. Дальнейшее изучение аномалий приводит к необходимости пересмотра первоначальных задач миссии.