Альтомар представляет собой город, расположенный на водном пространстве. В этом городе существует легенда о двух покемонах - Ратиасу и Ратиосе. Главный персонаж Эш Кетчум со своим покемоном Пикачу прибывает в Альтомар, где происходит их встреча с этими легендарными покемонами.
Ратасу и Ратиоса обладают тесной эмоциональной связью и способны обмениваться чувствами без слов. На покемонов начинают охотиться сёстры Занна и Рион, профессиональные ловцы покемонов. В процессе охоты они вовлекают в конфликт Эша и его спутников.
Особенностью Ратиасу и Ратиосы является способность под названием "Капля души", которая потенциально может привести к затоплению Альтомара. Также возникает угроза со стороны покемона Деоксиса, атакующего город. Развитие этих событий составляет основную сюжетную линию аниме.